Hitomi est une jeune fille qui s’adonne à la divination. En proie à d’étranges visions, elle fait toujours le même rêve hanté par un mystérieux prince charmant. Lors d’une séance de pendule, elle est téléportée au royaume de Faërnélie, le monde parallèle de ses rêves. Elle assiste à l’enlèvement de la mère du prince Burn, par un envoyé de Zaïbach. La voilà investie d’une étrange mission... Incarnant le cristal énerghyste, elle seule peut donner vie et manier le robot Escaflowne, le protecteur du royaume. Avec Burn, elle part à la recherche de la reine Escalina et doit affronter de redoutables adversaires.

L'histoire diffère légèrement par certains aspects, mais le concept reste le même. Hitomi passe son temps à dormir et à rêver d'un autre monde. Elle a perdu l'envie de vivre et se laisse porter par sa vie monotone de lycéenne. Jusqu'au jour où Folken l'appelle sur Gaïa. Elle se retrouve enfermée dans Escaflowne, et lorsqu'il s'ouvre enfin elle tombe litéralement nez à nez avec Van qui lui demande alors si elle est la "tsubasa no kami", soit la "déesse des ailes" (traduction totalement personnelle), censée lui apporter son aide. Il semble que Hitomi soit la seule à pouvoir faire apparaître ou disparaître Esaflowne, le Dieu de la guerre, selon sa volonté. Elle va donc voyager avec Allen, Mirana, Merle, la Taupe, etc. et Van bien sûr, qui va à nouveau devoir affronter Folken en quête de pouvoir. Celui-ci est accompagné de Sora, dernière représentante de son peuple, qui comme de nombreux autres a été décimé par l'armée de Folken. Elle a le pouvoir de communiquer avec Hitomi et de l'attirer vers Folken, pour que celui-ci puisse la convaincre de s'allier à lui. Mais c'est sans compter sur Van pour veiller sur elle.
Que va décider Hitomi ? Ammènera-t'elle la paix ou bien la destruction sur Gaïa ?